La Gerencia Administrativa Financiera está a cargo de la administración de los principales recursos de la empresa, personal, financiero, infraestructura, etc, en este sentido esta conformador por:
- Unidad de Costos
- Unidad de Cartera
- Unidad de Administración y Personal
- Unidad Financiera
Además de velar por el funcionamiento oportuno y efectivo de los mecanismos financieros y administrativos de EMAPA, en apoyo a las actividades de las gerencias técnicas mediante la implementación y aplicación de los sistemas de administración establecidos en la ley 1178.